生物质燃料、泛指由生物质组成或萃取固体、液体或气体。所谓的生物质系指有机活体或者有机活体新陈代谢的产物，例如牛粪。不同于石油、煤炭、核能等传统燃料，这新兴的燃料是可再生燃料。生物质燃料有什么弊端呢？
生物质燃料是将秸秆、稻壳、木屑等农林废弃物经过粉碎后，其长度50mm以下，含水率控制在10～25%范围内，经上料输送机将物料送入进料口，通过主轴转动，带动压辊转动，并经过压辊的自转，物料被强制从模型孔中成块状挤出，压缩成截面尺寸为30-40毫米、长度10-100毫米一种可以直接燃烧的固体颗粒燃料，并从出料口落下，回凉后（含水率不能超过14%），装袋包装。
生产生物质燃料的作物被生物质分解或者烧荒种地，导致需要数十年甚至数个世纪的生物质燃料才能补偿所排放的碳。为了生产生物质燃料，许多土地被改为农地，尤其是开发新的农地会破坏生态。生物质燃料的大量使用也造成粮食价格上涨，并威胁贫穷人口的生存。
为了制造及运输生物质燃料会产生污染、二氧化碳排放及使用水资源、化肥。在地生产使用生物燃料可以减少这些问题，但是就算在地生产，生物燃料在环保上可能还是不值得，甚至有些研究显示、一些已经量产的生物质酒精其实是高污染燃料，在经济上也不值得，例如玉米酒精比化石燃料制造出更多的碳及污染排放。