当今运用的巴氏杀菌机灭菌程序种类繁复。“低温长时间”(LTLT)处置是一个间歇进程，如今只被小型乳品厂用来出产一些奶酪制品。“高温短时间”(HTST)处置是一个“活动”进程，通常在板式热交换器中进行，如今被广泛应用于饮用牛奶的出产。通过该方法获得的产品不是无菌的，即仍富含微生物，且在储存和处置的进程中需要冷藏。“快速巴氏灭菌”首要应用于出产酸奶乳制品。科劳巴氏杀菌机高温消毒法首要有两种：
一种是将牛奶加热到62~65℃，坚持30分钟。选用这一方法，可杀死牛奶中各种成长型致病菌，灭菌功率可达97.3%~99.9%，经消毒后残留的只是有些嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌多数是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。
第二种方法将牛奶加热到75~90℃，保温15~16秒，其灭菌时间更短，作业功率更高。但灭菌的基本原则是，能将病原菌杀死即可，温度太高反而会有较多的营养丢掉。

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